intentant jekyll local

Author: JordiVillaFreixa

_site/5p21/index.html

@@ -94,7 +94,7 @@ <h2 id="estructura-supersecundària">Estructura supersecundària</h2>
   </tbody>
 </table>
 
-<p>Malauradament el fitxer PBD no conté massa informació sbre l’estructura secundària i no en podem treure massa profit, en aquest cas. Anem a <a href="../code/5p21.py">visualitzar la proteïna a Chimera</a>. Podem observar diversos motius d’estructura supersecundària, que es poden deduir també de l’observació de la seqüència a la figura de més amunt.</p>
+<p>Malauradament el fitxer PBD no conté massa informació sobre l’estructura secundària i no en podem treure massa profit, en aquest cas. Anem a <a href="../code/5p21.py">visualitzar la proteïna a Chimera</a>. Podem observar diversos motius d’estructura supersecundària, que es poden deduir també de l’observació de la seqüència a la figura de més amunt.</p>
 
 <table>
   <thead>

_site/COVID19/index.html

@@ -36,7 +36,7 @@ <h1 id="com-ataca-el-coronavirus">Com ataca el coronavirus?</h1>
 
 <p><a href="https://youtu.be/5DGwOJXSxqg?t=42"><img src="https://img.youtube.com/vi/5DGwOJXSxqg/0.jpg" alt="IMAGE ALT TEXT HERE" /></a></p>
 
-<p><img src="./figures/sars-cov-2-fusion.png" alt="" /></p>
+<p><img src="../figures/sars-cov-2-fusion.png" alt="" /></p>
 
 <p><a href="https://pdb101.rcsb.org/sci-art/goodsell-gallery/sars-cov-2-fusion">Credit: David S. Goodsell</a></p>
 
@@ -57,20 +57,20 @@ <h1 id="com-ataca-el-coronavirus">Com ataca el coronavirus?</h1>
 <p><br /></p>
 
 <h1 id="com-muta-el-genoma-del-sars-cov-2">Com muta el genoma del SARS-CoV-2</h1>
-<p><img src="./figures/genome-illustr-2021-update2.png" alt="" /></p>
+<p><img src="../figures/genome-illustr-2021-update2.png" alt="" /></p>
 
-<p><img src="./figures/variabilitatOmicron.png" alt="" />
+<p><img src="../figures/variabilitatOmicron.png" alt="" />
 <a href="https://covdb.stanford.edu/variants/omicron_ba_1_3/">Alta variabilitat de la proteïna SPIKE</a></p>
 
 <h1 id="millor-una-proteïna-menys-variant-per-generar-un-antiviral-3clpro">Millor una proteïna menys variant per generar un antiviral: 3CLPro</h1>
 
 <p><a href="https://youtu.be/WQzjXHKBSY8"><img src="https://img.youtube.com/vi/WQzjXHKBSY8/0.jpg" alt="IMAGE ALT TEXT HERE" /></a></p>
 
-<p><img src="./figures/44_2022_2951_Fig1_HTML.png" alt="" /></p>
+<p><img src="../figures/44_2022_2951_Fig1_HTML.png" alt="" /></p>
 
 <p><a href="https://link-springer-com.biblioremot.uvic.cat/article/10.1007/s00044-022-02951-6">Article</a></p>
 
-<p><img src="./figures/MSA_variants_Mpro.png" alt="" /></p>
+<p><img src="../figures/MSA_variants_Mpro.png" alt="" /></p>
 
 <p>
 <div id="myViewer">
@@ -82,7 +82,7 @@ <h1 id="millor-una-proteïna-menys-variant-per-generar-un-antiviral-3clpro">Mill
 
 <h1 id="ara-et-toca-a-tu">Ara et toca a tu!</h1>
 
-<p>Per seguir els diferents passos d’aquesta apassionant història t’hem preparat <a href="https://jordivillafreixa.github.io/Proteines/GuioCOVID19/">un guió</a> on, pas a pas, podràs raonar com ho ha fet la comunitat científica per trobar una possible solució a la COVID-19. Encara queda molta més feina per fer. T’animes a seguir els passos d’aquests investigadors?</p>
+<p>Per seguir els diferents passos d’aquesta apassionant història t’hem preparat <a href="https://biocomputing-teaching.github.io/Proteines/GuioCOVID19/">un guió</a> on, pas a pas, podràs raonar com ho ha fet la comunitat científica per trobar una possible solució a la COVID-19. Encara queda molta més feina per fer. T’animes a seguir els passos d’aquests investigadors?</p>
 
 <p>Sovint parlem de com d’important és invertir en recerca, tot i que de vegades els resultats no siguin immediatament aparents. Aquí us hem mostrat un exemple de com la recerca en genòmica, virologia, bioinformàtica, química mèdica, biologia molecular, descobriment de fàrmacs i modelatge molecular van de la mà quan cal trobar una resposta a un problema. L’acumulació de resultats i de coneixement al llarg de molts anys acaba essent determinant per trobar solucions ràpides a crisis sanitàries sobtades!</p>
 

_site/GuioCOVID19/index.html

@@ -69,7 +69,7 @@ <h1 id="rational-drug-discovery">Rational Drug Discovery</h1>
 
 <ol>
   <li>Accedeix a la web de <a href="https://go.drugbank.com/">DRUGBANK</a></li>
-  <li>Cerca l’estructura de Nirmatrelvir <img src="./figures/44_2022_2951_Fig1_HTML.png" alt="" /></li>
+  <li>Cerca l’estructura de Nirmatrelvir <img src="../figures/44_2022_2951_Fig1_HTML.png" alt="" /></li>
   <li>Baixa l’estructura en PDB de la molècula i visualitza-la a chimera. És correcta? Què li falta?</li>
   <li>Observa el fitxer que has baixat (pots usar wordpad). Veuràs que hi ha algun problema amb aquesta estructura i necessita que l’arreglem (manca d’hidrogens, estructura plana, etc). Obre <a href="http://openbabel.org/wiki/Main_Page">openbabel</a> a l’ordinador i mira d’arreglar-la.</li>
   <li>Torna a obrir la molècula a chimera i intenta identificar els diferents grups funcionals. Per on creus que interaccionarà amb la proteïna?</li>

_site/LVF601M/index.html

@@ -1,7 +1,7 @@
 <h1> How a drug for COVID-19 is designed?</h1>
 
 <ul>
-  <li><a href="#introduction">Introduction</a></li>
+  <li><a href="#introduction-to-the-assignment">Introduction to the assignment</a></li>
   <li><a href="#briefing-on-the-mechanism-of-action-of-sars-cov-2">Briefing on the mechanism of action of SARS-CoV-2</a></li>
   <li><a href="#assignment-questions">Assignment questions</a>
     <ul>
@@ -18,7 +18,7 @@ <h1> How a drug for COVID-19 is designed?</h1>
   <li><a href="#references">References</a></li>
 </ul>
 
-<h1 id="introduction">Introduction</h1>
+<h1 id="introduction-to-the-assignment">Introduction to the assignment</h1>
 
 <p>In this assignment for the LVF601M course on Systems Biology at the University of Iceland, we will get some hints on the rational design of a new drug. In particular, we will visualize some simple details on the way an antiviral for SARS-CoV-2 can be designed.</p>
 
@@ -72,7 +72,7 @@ <h1 id="briefing-on-the-mechanism-of-action-of-sars-cov-2">Briefing on the mecha
 <table>
   <thead>
     <tr>
-      <th style="text-align: center"><img src="./figures/genome-illustr-2021-update2.png" alt="" /></th>
+      <th style="text-align: center"><img src="../figures/genome-illustr-2021-update2.png" alt="" /></th>
     </tr>
   </thead>
   <tbody>
@@ -147,4 +147,4 @@ <h1 id="references">References</h1>
   <li>Ryan P. Joyce, Vivian W. Hu &amp; Jun Wang <a href="https://link.springer.com/article/10.1007/s00044-022-02951-6">The history, mechanism, and perspectives of nirmatrelvir (PF-07321332): an orally bioavailable main protease inhibitor used in combination with ritonavir to reduce COVID-19-related hospitalizations</a>. Medicinal Chemistry Research 2022; 31, 1637-1646.</li>
 </ul>
 
-<p>© <a href="https://mon.uvic.cat/cbbl/members/">Jordi Villà Freixa</a> 2023</p>
+<p>© <a href="https://mon.uvic.cat/cbbl/members/">Jordi Villà Freixa</a>, <a href="https://mon.uvic.cat/fcte/">Facultat de Ciències, Tecnologia i Enginyeries</a>, <a href="https://www.uvic.cat/">Universitat de Vic - Universitat Central de Catalunya</a>, 2023</p>